در گرایش مشاوره مدرسه از مقطع کارشناسی ارشد مشاوره بر مسائل مدرسه ای و امروزه علاوه بر آن بر مسائل دانشگاهی نیز تاکید می شود. یعنی دانش آموختگان بطور ویژه با مسائل دانش آموزان و دانشجویان سروکار خواهند داشت. مواردی چون افت تحصیلی، اضطراب امتحان، فرار از مدرسه، اعتیاد به اینترنت یا موارد مخدر، نحوه ارتباط با جنس مقابل، برنامه ریزی، انتخاب رشته و ... از جمله موارد متداول این گرایش محسوب می شود. هدف از رشته کارشناسی ارشد مشاوره گرایش مشاوره مدرسه تربیت افرادی است که بتوانند:
- دانش آموزان را در زمینه انتخاب دروس و رشته تحصیلی و رفع مشکلات تحصیلی، انتخاب شغل و آماده شدن برای احراز آن و رفع مشکلات روانی، اخلاقی، رفتاری، خانوادگی، ارتباطی و سازگاری یاری دهند
- خدمات راهنمایی و مشاوره را در هسته های مشاوره آموزش و پرورش، مدارس و مراکز تربیت معلم برنامه ریزی، سازماندهی و سرپرستی نمایند
- به ارائه خدمات مشورتی به معلمان، والدین و آموزش بهداشت روانی دانش آموزان اقدام نمایند