مسائل محیط زیستی صنایع از موضوعاتی است که اخیراً مورد توجه بیشتری قرار گرفته است. از آنجا که صنایع مربوط به مهندسی شیمی از جمله صنایعی هستند که تأثیر فراوانی در محیط زیست دارند لذا گرایش محیط زیست در مهندسی شیمی (که در چند سال اخیر وارد این رشته شده) اهمیت ویژه ای می یابد. مباحث تصفیه آب و فاضلاب و ضایعات جامد، تصفیه بی هوازی و کنترل آلودگی هوا از جمله موضوعاتی هستند که در این گرایش به صورت تخصصی آموزش داده می شوند.