تغییراتی که با گذشت زمان در نظام سلامت به وجود آمده است، باعث شده تا به یک نظام پیچیده و متغیر تبدیل شود. همچنین این سیستم پیچیده قسمت بزرگی از هزینه های دولتی را در بر میگیرد. بنابراین نیاز به بهبود در این سیستم ها بسیار احساس شده و وجود یک دید سیستمی، مورد توجه واقع می شود. با وجود پزشکان با تجربه، نیروی انسانی متبحر و امکانات مناسب مشاهده می شود هنوز سازمان های وابسته به نظام سلامت مانند بیمارستان ها، کلینیک ها و سایر مراکز با مشکلات زیادی مواجه هستند. هر چند تمام بخش ها و افراد مسئولیت های خود را به درستی و بی نقص انجام می دهند، اما در اکثر موارد مشاهده شده عمده این مشکلات به دلیل عدم وجود یک نگاه سیستمی به این مراکز است. مهندسی سیستم ها کمک می کند تا سیستم های موجود سلامت شناسائی، بررسی و آنالیز شوند. سپس با ارائه راه حل هایی، سیستم کاراتر عمل کند و بهره وری سیستم افزایش یابد. این امر باعث می شود بیمارستان ها بیمار محور، پاسخگو و انعطاف پذیرتر باشند.