یکی دیگر از گرایش های دکتری مهندسی هوافضا، گرایش دینامیک پرواز و کنترل می باشد. دینامیک پرواز با بهره گیری از داده های هواپویشی، هندسی و وزنی، به مطالعه و بررسی رفتار و حرکات هواپیما می پردازد. در واقع علم دینامیک پرواز به بررسی برد، مسافت نشست و برخاست (طول باند) و ... می‌پردازد. به طور خلاصه، تحلیل نحوهٔ حرکت یک وسیله در هوا یا فضا و ارائهٔ طرح هایی به منظور بهینه سازی این حرکت، وظیفهٔ دینامیک پرواز و کنترل است. این بخش بسیار مهم به مطالعهٔ سازه های موتوری هوایی و فضایی و بهبود کیفیت آنها متناسب با نوع سازه می پردازد.

مباحث پیشرفته ای که علاوه بر رساله تحقیقاتی در زمینه دینامیک پرواز و کنترل که توسط دانشجوی دوره دکتری مهندسی هوافضا گرایش دینامیک پرواز و کنترل انجام می شود پیرامون مکانیک پرواز، هدایت و ناوبری، کنترل بهینه، شبیه سازی پرواز و ... است.