در دوره دکترای آموزش عالی گرایش مدیریت آموزش عالی، دانشجویان به بررسی و تحلیل تئوری های سازمان و مدیریت در آموزش عالی می پردازند و رفتار سازمانی در آموزش عالی و مدیریت دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی را می آموزند. مدیریت و سازماندهی و گسترش مرزهای دانش و اعتلای موقعیت علمی کشور در سطح ملی، منطقه ای و بین المللی و در نتیجه گسترش کیفی و کمی آموزش عالی در ایران، هدف دوره دکترای آموزش عالی گرایش مدیریت آموزش عالی است.
مباحث پیشرفته ای چون رفتار سازمانی در آموزش عالی، مدیریت و استراتژی های موسسات پژوهشی، نظام های آموزش عالی، اصول برنامه ریزی آموزشی و درسی در آموزش عالی، مدیریت دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی، تحلیل تئوری های سازمان و مدیریت در آموزش عالی و ... در دوره دکترای آموزش عالی گرایش مدیریت آموزش عالی محور فعالیت های آموزشی و پژوهشی دانشجویان خواهد بود.