دوره دکتری مهندسی کامپیوتر بالاترین مقطع تحصیلی دانشگاهی در این زمینه است که به اعطای مدرک می انجامد و مجموعه ای هماهنگ از فعالیت های آموزشی- پژوهشی در سیستم های نرم افزاری را در بر می گیرد. محور اصلی فعالیت های علمی دوره دکتری، به تناسب موضوع، تحقیق نظری، تحقیق تجربی و یا تلفیقی از این دو است و آموزش وسیله بر طرف ساختن کاستی های اطلاعاتی داوطلب و هموار ساختن راه وصول به اهداف تحقیق است. دوره دکتری مهندسی کامپیوتر دارای دو مرحله آموزشی و پژوهشی می باشد. نحوه شروع و خاتمه هر مرحله و حداقل و حداکثر طول دوره مطابق آیین نامه دوره دکتری است. در دوره دکتری نرم افزار، آموزش های پیشرفته در زمینه های معماری کامپیوتر، سیستم های توزیع شده، شبکه های کامپیوتری، زبان های برنامه نویسی موازی، سیستم عامل، سیستم های تصمیم یار، شبکه های عصبی، هوش مصنوعی، منطق فازی، پایگاه داده استنتاجی، نرم افزارهای شبکه و ... به دانشجویان ارائه می شود.