دانلود مقاله ترجمه شده تحلیل کمی کاربردهای تطبیق توالی در مورد معماری های چندپردازنده

چکیده

رشد تصاعدی پایگاه داده هایی که محتوی مقادیر اطلاعات زیستی (مانند اطلاعات پروتئین و DNA) هستند، نقش بسزایی در بهبود عملکرد پلتفرم های محاسباتی دارند. در این تحقیق بررسی می کنیم که چگونگی کاربردهای بیوانفورماتیک از معماری موازی که روش های متفاوتی را برای موازی سازی ضخیم و با بافت خوب به کار می بندد، بهره مند می شود. به عنوان یک مورد تحلیلی ما وضعیت عملکرد روش جستجوی S را مورد مطالعه قرار می دهیم که الگوریتم Smith – Waterman که خود یک روش برنامه نویسی دینامیک تعیین کننده شباهت های بین یک جفت توالی است را اجرا می کند. موازی سازی ذاتی گسترده این الگوریتم، آن را برای معماری های پشتیبانی کننده از انواع چندگانه موازی سازی (TLP، DLP و ILP) ایده آل می سازد. ما بررسی می کنیم که چگونه این الگوریتم می تواند از ماشین های موازی مختلف مانند SGI Altix، IBM Power6، ماشین های BE و MareNostrum سوء استفاده کند. نتایج ما نشان می دهد که یک معماری اشتراک حافظه مانند PowerPC 970MP مربوط به Marenostrum می تواند بهتر از ماشین غیر همگن نظیر Cell BE اخیر باشد. تحلیل کمی نه تنها شامل مطالعه در مورد مقیاس پذیری عملکرد بر‌حسب افزایش سرعت می باشد، بلکه همچنین شامل بررسی مشکل در اجرای برنامه کاربردی می شود. این تحلیل از طریق مطالعه مراحل اجرایی که برنامه کاربردی ارائه می دهد، انجام می شود.

1-مقدمه

توسعه روزافزون علم بیوانفورماتیک به عنوان یک تکنولوژی نوظهور، توجه حوزه های مختلف علوم (زیست شناسی، ریاضیات، طراحی سخت افزار، علوم کامپیوتر و غیره) را به خود جلب کرده است. در این شرایط، رشد تصاعدی اطلاعات زیستی به تحقیق و توسعه بررسی چندین روش الگوریتمی برای پردازش موثر آن داده ها نیازمند می باشد...