دانلود مقاله ترجمه شده یک الگوریتم موازی برای مسئله ی بهترین میزان سازی نابرابریهای k

چکیده

 ما الگوریتمی موازی را مورد پیشنهاد قرار می‍دهیم که بهترین مسئله‍ی میزان سازی نابرابری‍های k را با استفاده از الگوی "یک دنباله/فرآیندهای چندگانه" و حافظه‍ی گسترده در برابر یک ارجاع ژنومی حل می‍نماید. پیشنهاد ما با این هدف طراحی گردیده است که بتواند با استفاده از MPI (واسط گذردهی پیام) برای ارتباطات از یک خوشه‍ی پردازش بهره برد. راهکار ما این ارجاع را در میان گره‍های مختلف توزیع می‍نماید و هر دنباله به طور همزمان به وسیله‍ی گره‍هایی مختلف مورد پردازش قرار می‍گیرد. هنگامی که بهترین راهکار (فرضی) یافت شد، این فرآیند موفقیت آمیز اطلاعات را به دیگر گره‍ها انتشار می‍دهد و فضای جستجو را کاهش داده و در نتیجه باعث صرف جویی در زمان محاسبه می‍شود.

الگوریتم توزیعی در ++C ساخته شد و در جهت استفاده به وسیله‍ی ابر رایانه‍های PLX و FERMI ارتقاء داده شد، اما این الگوریتم با هر خوشه‍ی OpenMPI مبنا سازگار است. این الگوریتم در بسته‍ی Er) ERNE همتراز عددی تصادفی گسترش یافته) جای داده شده بود، که هدف آن فراهم آوردن مجموعه‍ای جامع و کامل از ابزارها در جهت همتراز سازی و پاک سازی نمودن خواندن‍های کوتاه است. ERNE یک نرم افزار رایگان است که با مجوز منبع آزاد (GPL V3) توزیع گردیده است و می‍توان آن را از وب سایت: http://erne.sourceforge.net دانلود نمود. الگوریتم توضیح داده شده در این کار در برنامه‍های ERNE-PMAP و ERNE-PBS5 مورد استفاده قرار می‍گیرند که برنامه‍ی اول برای همتراز ساختن دنباله‍های DNA وRNA طراحی شده است، در حالی که برنامه‍ی دوم برای دنباله‍های عمل شده با بی سولفیت ارتقاء داده شده است.

1- مقدمه

پیدایش NGS (ترتیب گذاری نسل بعدی)، که برای اولین بار در سال 2005 پدیدار گردید، حوزه‍ی زیست اطلاعات را دچار تغییر و تحول نموده و چشم اندازهایی جدید و غیر قابل تصور را در تحقیقات باز کرده است. ترتیب دهنده‍های اصلی قادر به تولید مقادیر عظیمی از اطلاعات و با هزینه‍ای بسیار پایین و در ظرف چند روز هستند. ترتیب دهنده‍ها مجموعه‍ای از دنباله‍های کوتاه (به نام "خواندن‍ها") را به ترتیب الفبایی {A, C, G, T, N} به وجود می‍آورند. چهار حرف ابتدا نمایانگر بن‍های نوکلئوتید هستند که امکان دارد تا در یک ژنوم وجود داشته باشند..