دانلود مقاله ترجمه شده الگوریتم های موازی برای بهترین مسئله هم ترازی عدم تطابق-k

چکیده

با توسعه تکنولوژی موازی سازی و طیف گسترده ای از برنامه های کاربردی در این زمینه، ارزیابی عملکرد به یکی از جنبه های چالش برانگیز الگوی عملی موازی سازی تبدیل شده است. این مقاله در مورد یک کار تحقیقاتی در یک الگوریتم موازی–بهترین مسئله ترازبندی عدم تطابق-شناخته شده است. هدف از این مقاله دستیابی و پیاده سازی عملی این الگوریتم موازی برای رسیدن به سرعت محاسباتی سریعتر می باشد. انگیزه این الگوریتم بهبود پردازش با استفاده از کاهش حجم کاری و یا در شرایط دیگر، کاهش فضای جستجو می باشد. یک پیاده سازی زمان واقعی برای این الگوریتم در زمینه بیوانفورماتیک وجود دارد، که در آن، این روش برای پیدا کردن بهترین تطابق بین یک سلول ژنوم می باشد. الگوریتم واقعی پیشنهاد شده، در سازگاری با PLX، ابر رایانه های FERMI و بسته ERNE (هم تراز کننده عددی تصادفی گسترش یافته) می باشد. در این مقاله، برای پیاده سازی راه حل، مفهوم چند نخی در جاوا استفاده شده است.

1-مقدمه

با گسترش در زمینه بیوانفورماتیک، گسترش فن آوری های جدید منجر به اختراع ترتیب سنج های نسل جدید می شود. این ترتیب سنج ها می توانند مقدار زیادی از داده ها را در زمان بسیار کمتری تولید کنند. این ترتیب سنج ها در واقع برای تولید تعدادی از الگوهای رشته ای مانند می باشند، که بازهای نوکلئوتیدی هستند. از لحاظ بیولوژیکی، این حروف بر آدنین، سیتوزین، گوانین و تیمین دلالت دارند. هنگامی که این مرحله از تولید توالی ژنوم انجام شود، مرحله بعدی مرحله هم ترازی است...