دوره دکتری مهندسی عمران بالاترین مقطع تحصیلی دانشگاهی در این زمینه است که به اعطای مدرک می انجامد و رسالت آن تربیت افرادی است که با نوآوری در زمینه های مختلف علوم و فناوری در گسترش مرزهای دانش و رفع نیازهای کشور مؤثر باشد. دوره دکتری مهندسی عمران دارای 10 گرایش سازه، زلزله، ژئوتکنینک، راه و ترابری، مدیریت منابع آب، آب و سازه های هیدرولیکی، سواحل، بنادر و سازه های دریایی، حمل و نقل، مدیریت ساخت و محیط زیست می باشد. محور اصلی فعالیت های علمی دوره دکتری به تناسب موضوع، تحقیق نظری، تحقیق تجربی و یا تلفیقی از این دو است و آموزش وسیله برطرف ساختن کاستی های اطلاعاتی داوطلب و هموار ساختن راه حصول به اهداف تحقیق می باشد.