هدف این شاخه شناخت جانداران میکروسکوپی و مسائل مختلف مربوط به زندگی آنهاست. میکروبیولوژی یا میکروب شناسی دانشی است که درباره میکروارگانیسم‌ها یا جانداران بسیار ریز بحث و گفتگو می‌کند. جاندارانی که در میکروبیولوژی بیشتر بررسی می‌شوند شامل پروکاریوتها ، باکتری‌ها، ویروسها، و یوکاریوت هایی مانند قارچ و تک سلولی‌ها یا پروتوزوآها می‌باشد. مطالعه چرخه رشد و تکثیر میکرو ارگانیسم های بیماری زا به منظور مبارزه با آنها و مطالعه میکروارگانیسم های مفید در تولید مواد غذایی و داروهای پزشکی و دامپزشکی از دیگر مباحث مورد بحث در رشته میکروبیولوژی است.
علم میکروبیولوژی در مورد چگونگی استفاده بهینه از میکرو ارگانیسم ها و جلوگیری از ضررها و زیانهایی که میکرو ارگانیسم ها می توانند به حیات انسانها، دامها و نباتات وارد کنند، بحث می کند. در علم میکروبیولوژی ارتباط میکروارگانیسم‌ها با خودشان و همچنین با موجودات عالی‌تر مانند انسان، حیوانات و گیاهان مورد بررسی قرار می‌گیرد، علم میکروبیولوژی گرایشهای مختلفی دارد که عبارتند از: میکروبیولوژی پزشکی، میکروبیولوژی غذایی و میکروبیولوژی صنعتی.